ソユーズ宇宙船の帰還モジュールのシミュレータの座席に座る若田（右）、星出（中央）、金井（左）宇宙飛行士（同時期にGCTCで訓練を行っていたJAXA宇宙飛行士3名で記念撮影）（出典：JAXA/GCTC）
金井宇宙飛行士は、5月に引き続き、6月中旬までロシアのガガーリン宇宙飛行士訓練センター（Gagarin Cosmonaut Training Center: GCTC）にて、ソユーズ宇宙船のシステムや運用方法に重点を置いた訓練を行いました。
金井宇宙飛行士は、ソユーズ宇宙船の打上げ・帰還時および軌道上を飛行する間に使用する操作手順書を熟読し、各運用段階におけるクルーの作業について確認しました。特に、ソユーズ宇宙船打上げ直前の射点における搭乗クルーの作業や、軌道投入時と軌道投入直後に実施する作業を中心に確認しました。シミュレータを使用した訓練も行い、国際宇宙ステーション（ISS）にドッキングしている状態のソユーズ宇宙船の起動方法や分離手順、再突入から着陸に至るまでの各フェーズにおけるクルーの操作を確認しました。その他に、ソユーズ宇宙船の生命維持システムや医療支援システムについても講義を通して学び、ソユーズロケットの緊急脱出用ロケットに関する講義も受けました。
また、ISSのロシアモジュールに関わる訓練も行い、ISSのモックアップを使用して、火災・減圧の緊急事態を想定した対処訓練を行いました。