スペースシャトルのミッション番号は、STS-1からSTS-9までは順番通りですが、それ以降は、STS-41B（10回目の飛行）とかSTS-51F（19回目の飛行）というミッション番号が使わました。1986年1月のチャレンジャー事故以降は、また、STS-26と通常通りの番号に戻りました。ただし、この番号は、打上げ計画が設定された段階での番号で、打上げまでに、スペースシャトルのトラブルや、搭載物のトラブルなどで打上げが延期されてしまうと、順番が狂ってしまいます。

例えば、土井宇宙飛行士が飛行したSTS-87（1997年11月）の後は、STS-88のはずですが、STS-88（ISSの建設フライト）はISS計画の遅れのため約1年後の1998年12月にようやく打ち上げられ、その間、STS-89, 90, 91, 95に追い抜かれまてしまいました。

なお、前述したSTS-41B, 51Fの様な番号の意味は、最初の数字4,5は、打上げ予定の年度（84年度、85年度）を意味し、次の1は、打上げ場所のケネディ宇宙センターを意味しています（これはカリフォルニア州のバンデンバーグ射場と識別するために付けられましたが、結局計画は中止されたため、2は使われませんでした）。

その後のA、B、Cはその年度内で何番目に予定されたミッションかを現しています。つまり、STS-51Fは85年度の6番目に、ケネディ宇宙センターから打ち上げられるスペースシャトルを意味します。